Chiến thắng của phe Trục là rất chóng vánh. Ngay từ ngày 14 thang 4, bộ chỉ huy tối cao Nam Tư đã quyết định tìm cách đình chiến và cho phép các tư lệnh tập đoàn quân, cụm tập đoàn quân được tiến hành đàm phán ngừng bắn cục bộ. Trong ngày hôm đó, tư lệnh các Tập đoàn quân số 2 và số 5 đã hỏi ý quân Đức về các điều khoản đình chiến, nhưng bị từ chối. Họ được thông báo rằng chỉ có đầu hàng vô điều kiện mới tạo được cơ sở cho việc đàm phán. Tối hôm đó, bộ chỉ huy tối cao cử một phái viên đến tổng hành dinh của Cụm Thiết giáp Kleist để xin đình chiến, và để đáp lại, tướng von Kleist đã phái tư lệnh Tập đoàn quân số 2 là tướng von Weichs đến Beograd để thương thảo các điều khoản. Ông ta đã tới nơi vào chiều ngày 15 tháng 4 và đưa ra một hiệp định đình chiến dựa trên cơ sở đầu hàng vô điều kiện.[98]

Ngày 16 tháng 4, một đại biểu Nam Tư đã đến Beograd, nhưng vì không có thẩm quyền ký kết các văn bản nên ông được giao cho một dự thảo hiệp định và một máy bay đặt theo ý riêng để làm đại diện ủy quyền của chính phủ. Cuối cùng, vào ngày 17 tháng 4 năm 1941, chỉ sau 11 ngày chiến đấu, Bộ trưởng Ngoại giao trước cuộc đảo chính là Aleksandar Cincar-Marković cùng Đại tướng Milojko Janković đã ký hiệp định đình chiến và đầu hàng vô điều kiện cho toàn bộ các đội quân của Nam Tư, bắt đầu có hiệu lực vào buổi trưa ngày hôm sau (18 tháng 4).[98] Trong lễ ký kết, người Hungary và Bulgaria có đại diện là các sĩ quan liên lạc, nhưng họ không ký vào văn bản do đất nước họ không có chiến tranh với Nam Tư.[98] Đại diện của Ý là Đại tá Luigi Buonofati đã ký sau khi lưu ý rằng "những điều khoản tương tự cũng có giá trị đối với quân đội Ý".[99]

Cố gắng phòng thủ trên toàn tuyến biên giới của quân đội Nam Tư đã thất bại ngay từ đầu. Sau khi đầu hàng, Nam Tư bị chia sẻ giữa các nước Đức, Hungary, Ý và Bulgaria. Phần lớn Serbia bị Đức chiếm đóng. Thủ lĩnh phát xít Croatia Ante Pavelić được Ý ủng hộ đã tuyên bố thành lập một Nhà nước Độc lập Croatia trước cả khi cuộc xâm lăng kết thúc.[100]

Bắt đầu từ cuộc khởi nghĩa tại Serbia vào tháng 7 năm 1941, cuộc kháng chiến liên tục nhằm chống lại các đội quân chiếm đóng tại Nam Tư đã nổ ra, chủ yếu do Du kích Nam Tư và thấp hơn là người Chetnik thực hiện, cho đến khi chiến tranh kết thúc.